Maladie professionnelle ou longue maladie

En arrêt de travail depuis le 24/09/08, je suis en longue maladie pour rupture de la coiffe des rotateurs. Je dois me faire opérer fin octobre. Le médecin de la sécu voulait me faire reprendre mon travail où je soulève beaucoup de poids alors le chirugien m'a conseillé de faire une demande de maladie professionnelle mais je voudrai savoir qu'elle est la différence d'être en maladie prof. ou de rester en longue maladie ?
Si la maladie professionnelle est acceptée et qu' après ma convalescence suite à l'opération, le médecin de la sécu me faisait reprendre. S'il n'y a pas de poste adapté et que le médecin du travail me déclare inanpte, mon employeur va me licencier. Quel avantage j'ai d'être licencié en maladie prof. ? Sachant que je ne pourrai peut-être pas retrouver de travail à cause de ma maladie professionnelle, je ne pourrai pas vivre seulement avec le chômage qui dure pas longtemps car j'ai 2 enfants à charge et une maison à payer. Quels sont les recours ?
Puis-je demander une allocation d'invalidité ? où cette allocation est-elle réservée pour les inaptes en longue maladie ?
Que dois-je faire ? merci de m'éclairer.
marie1319