Règles durant la prise de la pilule

Bonjour,
Cela fait deux mois que je prends la pilule. J'ai eu dernièrement des problèmes de maux de tête et donc j'ai pris des traitements très forts pour régler ceux ci.
Alors que j'étais à ma troisième semaine de prise de la pilule, j'ai eu mes règles. j'ai continué la pilule durant les règles et fait ma semaine d'arrêt. C'est ce que m'a conseillé l'infirmière du lycée.
Est ce que j'ai eu raison de faire ça ? cela va t il me protéger correctement pour cette nouvelle plaquette ?
Merci